L'origine del borgo di Stintino è dovuta alla decisione del Governo italiano di istituire il 22 giugno 1885 sull'isola dell' Asinara in località Cala Reale il primo lazzareto ad uso sanitario, insieme una colonia penale in località Cala d'Oliva . In quel momento si contavano sull'isola 45 famiglie per 411 persone; di questi i residenti a Cala d'Oliva erano pescatori originari di Camogli , che si erano trasferiti attratti delle maggiori possibilità economiche e dalla presenza della Tonnara delle Saline, mentre gli abitanti di Fornelli e Cala Reale erano pastori ed agricoltori sardi; è possibile che entrambi i gruppi avessero già adottato il dialetto sassarese , andando ad accentuarne l'influenza ligure presente fin dalle origini.
Prima dello sfratto del 15 agosto dello stesso anno, due fratelli sassaresi , Salvatore e Cristoforo Murtola, perorano la causa dei pescatori ottenendo un indennizzo di 750 lire per ogni famiglia, e acquisendo un terreno per far sorgere il nuovo borgo col nome di Cala Savoia . Il piano regolatore divise ordinatamente una stretta penisola fra due bracci di mare (ora Porto Vecchio e Porto Nuovo/Porto Mannu ), che prese il nome di isthintìnu o sthintìnu , dal termine sassarese intestino o budello , poi italianizzato in Stintino .
Il 1º gennaio 1865 , prima dell'abbandono forzato dell'Asinara, venne fondata la Confraternita religiosa della " Beata Vergine della Difesa ", patrona del paese, a cui sono iscritti molti stintinesi che abbiano compiuto almeno 12 anni.
Fra le manifestazioni religiose a maggio si svolge, presso una piccola chiesa di campagna, la festa di Sant'Isidoro in Ercoli , e l' 8 settembre la Madonna della Difesa : il simulacro della patrona del paese è trasportato dalla barche dei pescatori della Confraternita in una processione a mare a ricordo della fondazione del 1885.
Per incentivare le attività di pesca, il 10 dicembre 1904 68 soci, tutti stintinesi, fondarono la " Società mutua cooperativa fra i pescatori di Stintino . Questa e altre vicende dell'industria locale sono esposte nel Museo della Tonnara , collocato sulla banchina del porto. Proprio la pesca è a fondamento della cucina locale, le cui principali specialità sono ricci ed altri frutti di mare , crostacei e la bottarga di tonno . Tra i piatti la Zuppa di patate e aragosta con pescato locale, il Polpo in agliata , il Polpo alla stintinese ovvero un'insalata di polpo con patate, aceto, prezzemolo e a volte cipolla, e fra i dolci la Tumbarella .
Il porto di Stintino ospita ancora numerose barche a vela latina , che dopo l'avvento delle imbarcazioni a motore hanno trovato nuova linfa nel turismo diportivo e nelle regate veliche; molte famiglie della borghesia sassarese, come i Berlinguer o i Segni , hanno da sempre prediletto questo tipo di imbarcazione. Nel 1983 viene organizzata la prima " Regata Vela Latina ", arrivata nel 2007 alla XXV edizione. Stintino è tanto caratterizzata dall vela latina da essere stata ribatezzata dal giornalista Mario Marzari come la "Capitale della Vela Latina".
stato in passato frazione di Sassari ed diventato comune autonomo l' 8 agosto 1988 . Nel 2008 sono stati festeggiati i 20 anni di autonomia comunale con una serie di eventi tra cui l' esibizione delle Frecce Tricolori di fronte alle spiagge de Le Saline, Pazzona e Ezzi Mannu.Se il borgo di stintino ha tradizioni arinaresche, l'agro che fa parte del territorio comunale e caratterizzato da un'importante cultura contadina. Numerose sono ancora oggi le aziende agricole, che si susseguono nel paesaggio rurale, delimitato ad ovest dalle alte scogliere che si gettano sul mare di sardegna, a sud verso la nurra di sassari, e d ad est verso le meravigliose spi9agge che si affacciano sul placido golfo dell'asinara. Numerosi sono gli stagni e gli acquitrini habitat di numerosi uccelli acquatici che un tempo ospitavano le rinomate saline della Tonnara.
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